在黑侠I里，黑侠在女友及石Sir的帮助下最终战胜了701部队，从而成为香港市民心中的英雄，同时也成为广大观众的偶像。

这次黑侠（樊少皇）又有了新任务，国际犯罪组织“赤神帮”的首领赤神（郑佩佩），因其拥有特意功能，在世界各地犯下多宗罪案，尔被FBI通缉，FBI历经辛苦，在黑侠的帮助下，终将赤神拘捕。

罪犯天皇血鹰是赤神的同伙，血鹰带领赤神帮众杀入警署，救出赤神。同时劫持了女科学家琪及她的科研成果--疯牛病病毒和疫苗。一同逃往菲律宾，赤神准备将疯牛病病毒向全世界撒播。消息一经传出，立即引起全世界的震惊。FBI再次与黑侠联手打击赤神帮，赤神用尽各……